L’ISL est supervisé :

• d’une part, par un Conseil d'Administration qui définit la politique générale de l'Institut et exerce un contrôle de son activité.
  Composé de trois membres allemands et de trois membres français, désignés par les gouvernements, il est assisté d'un Conseil Consultatif des Recherches et des Études pour les questions scientifiques.
• d’autre part, par une direction, assurée conjointement par les deux Directeurs, l'un allemand, l'autre français.